Wat zijn sommige mensen toch ondankbaar. Hoewel Haven City in Jak II is gered van Kor en de agressieve Metal Heads, is het er nog steeds een grote chaos. Drie groeperingen vechten om de macht op straat en Jak krijgt de schuld.
Angst voor Jak's duistere krachten, geruchten over een samenwerking met Kor en een aanval op de stad leiden ertoe dat onze held wordt verbannen naar het naargeestige Wasteland. Zo begint Jak 3, en het is aan jou om alles weer recht te breien.