Pok?-fans gaan iets heel bijzonders beleven in het nieuwste RPG-adventure van de populaire franchise. Anders dan gebruikelijk zal de speler in Pok?mon Mystery Dungeon: Blue Rescue Team en Pok?mon Mystery Dungeon: Red Rescue Team niet de rol van een menselijke trainer maar van een Pok?mon aannemen. Na een mysterieuze nachtelijke transformatie, wordt de speler wakker in de gestalte van ??n van de zestien verschillende Pok?mon, waaronder Pikachu, Charmander, Squirtle en Bulbasaur. De Pok?mon waar de speler in transformeert wordt automatisch bepaald, aan de hand van de antwoorden die zijn ingevuld bij de persoonlijkheidstest. Als de speler beschikt over een vurig temperament, kan hij of zij bijvoorbeeld wakker worden als Charmander. Terwijl iemand met een elektriserende persoonlijkheid wel eens in Pikachu zou kunnen veranderen.
Aan het begin van het avontuur moet de speler een andere Pok?mon als partner kiezen. Het nieuwgevormde duo gaat vervolgens op avontuur om andere Pok?mon te helpen en het mysterie achter de transformatie te doorgronden. Met de mogelijkheid om meer dan 380 Pok?mon te ontmoeten, inclusief legendarische exemplaren, en tientallen bonus missies om te voltooien, biedt dit avontuur genoeg om spelers maanden bezig te houden. Omdat elke kerker in Pok?mon Mystery Dungeon: Blue Rescue Team en Pok?mon Mystery Dungeon: Red Rescue Team willekeurig wordt opgebouwd, betekent dit dat elk level altijd weer anders is. Het zal zeker geen gemakkelijke taak zijn om alle Pok?mon te vinden en te redden.